Lange Zeit war die erste Besiedlung Polynesiens nicht näher bekannt, da es sehr wenige archäologischen Funde gab und man konnte nur sehr wenig auf die genauen Wege der Besiedlung anhand  des Vorkommens der vom Menschen in diesen Lebensraum eingeführten Nutzpflanzen und Tierpopulationen schliessen. Wissenschaftliche Untersuchungen im Jahr 2008 haben aufgrund menschlicher Erbgutuntersuchungen neue Ergebnisse hervor gebracht. Diese bekräftigen die Theorie, dass die ersten Siedler etwa um 1500 v. Chr. aus Taiwan über die Philippinen in den Raum des  Inseldreiecks Tonga-Fidschi-Samoa vordrangen und sich relativ schnell über die Inseln ausbreiteten.

Der englische Forscher Samuel  Wallis, der Franzose Louis Antoine de Bougainville und James Cook waren die ersten Europäer, die das polynesische Inselreich näher erkundeten. Kurze Zeit später kamen eine Grosszahl europäischer Entdecker wie Händler, Abenteurern und Strandläufern auf die Inseln, die auf der Suche nach neuen Handelsrouten,  Fellen und wertvollen Hölzern waren. Unter Strandläufer  versteht man  Europäer, die im 19 Jahrhundert auf den Inseln im Südpazifik lebten und meist Aussteiger, ehemalige Seeleute oder flüchtige Straftäter waren. Diese neuen Einwanderungsströme brachten Infektionskrankheiten mit sich, gegen die die Polynesier keine Immunabwehr besassen.  Ein Grossteil der  gesamten Ureinwohner fielen diesen Krankheiten zum Opfer und ein weiterer  Teil wurde später durch europäischer Sklavenhändler systematisch reduziert. Bald darauf kamen die ersten christlichen Missionare nach Polynesien, die in ihrem erbitterten Kampf gegen kulturelle und religiöse überzeugungen sehr respektlos und ohne jegliche Rücksicht vorgingen. Sie zerstörten die Tempel und unterdrückten die Ausübung einheimischer Rituale, Tänze und Gesänge. Die militärische Schwäche der Völker Polynesiens wurde schnell in der Region bekannt, sodass schon bald die führenden seefahrenden Nationen Europas und später auch die Vereinigten Staaten von Amerika immer mehr Regionen für sich einnahmen und ihre eigenen Kolonialreiche  gründeten. Alle Kenntnisse über das ursprüngliche Leben der Kultur Polynesiens und deren Wurzeln haben wir heute zu einem grossen Teil den Forschern James Cook und dem deutschen  Dichter Adelbert von Chamisso zu verdanken.

Zur französischen Kolonie werden die Inseln ab 1880. Heute gehört Französisch-Polynesien als Überseeterritorium zu Frankreich und die Polynesier sind französische Bürger.